原文链接：http://tecdat.cn/?p=4321 功能富集泡泡图 功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路，对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用，也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过，这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的，也是比较抓人眼球的。 做基因功能富集分析、KEGG富集分析、...
R 语言是一门主要用于统计计算和绘图的高级编程语言。这份 R 语言编码风格指南旨在让我们的 R代码更容易阅读、分享和检查。以下规则系与 Google 的 R 用户群体协同设计而成。概要: R编码风格约定文件命名: 以 .R (大写) 结尾标识符命名: variable.name, FunctionName, kConstantName单行长度: 不超过 80 个字符缩进: 两个空格, 不使用制表符空白花括号: 前括号不折行写, 后括号独占一行赋值符号: 使用 <-, 而非 =分号: 不要用总体布...
1.数据的中心化所谓数据的中心化是指数据集中的各项数据减去数据集的均值。例如有数据集1, 2, 3, 6, 3，其均值为3,那么中心化之后的数据集为1-3,2-3,3-3,6-3,3-3,即：-2,-1,0,3,02.数据的标准化所谓数据的标准化是指中心化之后的数据在除以数据集的标准差，即数据集中的各项数据减去数据集的均值再除以数据集的标准差。例如有数据集1, 2, 3, 6, 3，其均值为3,其标准差为1.87，那么标准化之后的数据集为(1-3)/1.87,(2-3)/1.87,(3-3)...
超高维度分析，N*P的矩阵，N为样本个数，P为指标，N<<PPCA:抓住对y对重要的影响因素主要有三种：PCA,因子分析，回归方程+惩罚函数（如LASSO） 为了降维，用更少的变量解决问题，如果是二维的，那么就是找到一条线，要使这些点再线上的投影最大，投影最大，就是越分散，就考虑方差最大。 > conomy<-data.frame( + x1=c(149.3, 161.2, 171.5, 175.5, 180.8, 190.7, + 202.1, 212.4, 226.1, 231.9, 239.0), + x2=c(4.2, 4...
原文链接：http://tecdat.cn/?p=18970 在普遍的理解中，最大似然估计是使用已知的样本结果信息来反向推断最有可能导致这些样本结果的模型参数值！ 换句话说，最大似然估计提供了一种在给定观测数据的情况下评估模型参数的方法，即“模型已确定且参数未知”。 在所有双射函数的意义上，极大似然估计是不变的 ，如果 是的极大似然估计 。 让 ， 等于 中的似然函数。由于 是的最大似然估计 ，因此， 是的最大似然估...
（此文章同时发表在本人微信公众号“dotNET每日精华文章”，欢迎右边二维码来关注。)题记：随着大数据成为一个BuzzWord，和大数据相关的技术也变得越来越火热，其中就包括R语言。而据说SQL Server 2016将会内置R语言支持？R语言作为一个存在很久的语言，在大数据热炒之后也被大家翻出来炒冷饭。微软为了其大数据战略，也不失时机的收购了R语言的开发商Revolution Analytics。这次收购带来的一个结果就是SQL Server 2016将会把R语言...
R语言函数索引在学习R语言的途中，发现函数太多实在不好记。所以，本文记录下学习期间遇到的函数，做一个备忘，索引，方便查看函数的大致用途！学到什麽就更新什麽！str() 紧凑的显示R对象的内部结构生成随机变量 rpois() 泊松随机变量d 正态分布pnorm() 估计累计分布qnorml() 估计分位数summary()set.seed() 随机数字成成器种子，可以用来生成完全相同的随机数设置符合模型的随机变量rbinom() 二项分布sample() 从指定的一组对象集...
library(survival) library(survminer)#age 分组画生存曲线 fit <- survfit(Surv(time, status) ~ age, data = lung) summary(fit) res.cut <- surv_cutpoint(lung, time = "time", event = "status",variables = "age") summary(res.cut) res.cat <- surv_categorize(res.cut) fit_age <- survfit(Surv(time, status) ~age, data = res.cat) ggsurvplot(fit_age,pval = TRUE, #conf.int = TRUE,risk.table = TRUE, # Add risk tab...
数学类函数在求有缺失值的子集的最大值时候，需要先用na.re=TRUE去掉缺失值。 求几个特定百分位数round（x,n） n表示保留的小数点位数 分布类函数rnorm，密度高的数字，生成概率就高原文：https://www.cnblogs.com/Grayling/p/10968707.html
适用情形我们现在有这样一份数据，记录了近173万用户的爱好情况（数据为随机生成）。数据中每行为一个用户，每列为一个爱好属性，“y”代表有此爱好，“n”代表无此爱好，我们希望通过关联分析找出用户会倾向于同时具有哪些爱好。数据保存为csv格式，并导入R中。此份数据中，绝大部分取值为“n”，“y”数量偏少，如果直接进行关联分析，会得到如下结果：可见，结果得到的是同时不具有的爱好规则，与想要结果不符。因此我们需要将数...
原文链接：http://tecdat.cn/?p=3071结构方程模型入门 介绍 对于熟悉线性回归拟合结构方程模型的分析师来说，在R环境中，拟合结构方程模型涉及学习新的建模语法，新的绘图语法以及通常是新的数据输入方法。然而，拟合结构方程模型可以成为分析师工具箱中的强大工具。 设置 环境 在R中实现SEM有许多不同的包，lavaan软件包为大多数SEM用户提供了全面的功能集，并且具有易于学习的语法来描述SEM模型。要安装lavaan，我们只需运行： ...
原文链接：http://tecdat.cn/?p=19664 MCMC是从复杂概率模型中采样的通用技术。蒙特卡洛 马尔可夫链 Metropolis-Hastings算法 问题 如果需要计算有复杂后验pdf p（θ| y）的随机变量θ的函数f（θ）的平均值或期望值。 您可能需要计算后验概率分布p（θ）的最大值。 解决期望值的一种方法是从p（θ）绘制N个随机样本，当N足够大时，我们可以通过以下公式逼近期望值或最大值 将相同的策略应用于通过从p（θ| y）采样并取样本...
函数计算字符数量，包括在一个字符串的空格的个数。语法nchar()函数的基本语法是：nchar(x) 以下是所使用的参数的说明：x - 向量输入。示例result <- nchar("Count the number of characters") print(result) 当我们上面的代码执行时，它产生以下结果：[1] 30原文：http://www.cnblogs.com/csguo/p/7294085.html
# 创建数据集&基本数据管理1、向量 创建函数 c() a <- c(1,2,3,4) a[c(i,j)] :[]给定元素所处位置的数值,即向量a中第i和第j个元素，a[2]第二个元素即2 length(a):返回向量a中元素的个数2、矩阵 创建函数 X<-matrix（数据，nrow=n,ncol=m） +使用下标及方括号[]来选择矩阵中的行、列或元素，X[i,],第i行 +将矩阵转化为数据框 dataframe <-as.data.frame(matircname)3、数组 创建函数 <-array（）4、数据框：将不同类...
///加载自己写的R语言算法库public List<double> GetZTFB(double[] data){List<double> par = new List<double>();try{//调用R语言算法REngine.SetEnvironmentVariables();REngine engine = REngine.GetInstance(null, true, null, null);NumericVector x = engine.CreateNumericVector(data);engine.SetSymbol("x", x);string path = System.Windows.Forms.Application.StartupPath + "\\R_File\\ztfb.R";path = "source(\"" + pa...