linux – 如何(内存限制)> grep -F -f file_A file_B >> output.txt

内容导读

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内容图文

file_A(~500MB,1.6M行)由所有等长搜索项组成,每行1个,未排序.

file_B由所有等长文本行组成,每行1个,未排序

我已经能够在任何大小的file_B上运行“grep -F -f file_A file_B>> output.txt”而没有问题的52GB ram的盒子.问题是我现在限制在4GB内存,因此file_A的大小现在太大了,无法在不耗尽可用内存的情况下运行.

如果没有手动将file_A切换成较小的bite,有没有简单的方法来编写这个grep文件的前1000行file_A,然后当它们自动grep为1001-2000行时,等等.直到我完成了所有的file_A？

解决方法:

循环遍历file_A的块,将它们作为stdin发送到同一个grep语句;将1000调整到可用内存：

nlines=$(wc -l < file_A)
chunk=1000
for((i=1; i < nlines; i += chunk)) 
do 
  sed -n $i,+$((chunk - 1))p file_A | grep -F -f - file_B
done > output

内容总结

以上是互联网集市为您收集整理的linux – 如何(内存限制)> grep -F -f file_A file_B >> output.txt全部内容，希望文章能够帮你解决linux – 如何(内存限制)> grep -F -f file_A file_B >> output.txt所遇到的程序开发问题。 如果觉得互联网集市技术教程内容还不错，欢迎将互联网集市网站推荐给程序员好友。

内容备注

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