linux – docker,openmpi和/ proc / mounts行的意外结束

内容导读

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内容图文

我有构建环境来在Docker容器中运行代码.其中一个组件是OpenMPI,我认为它是问题的根源或表现出来.

当我使用MPI运行代码时,我收到消息,

Unexpected end of /proc/mounts line `overlay / overlay rw,relatime,lowerdir=/var/lib/docker/overlay2/l/NHW6L2TB73FPMK4A52XDP6SO2V:/var/lib/docker/overlay2/l/MKAGUDHZZTJF4KNSUM73QGVRUD:/var/lib/docker/overlay2/l/4PFRG6M47TX5TYVHKQQO2KCG7Q:/var/lib/docker/overlay2/l/4UR3OEP3IW5ZTADZ6OKT77ZBEU:/var/lib/docker/overlay2/l/LGBMK7HFUCHRTM2MMITMD6ILMG:/var/lib/docker/overlay2/l/ODJ2DJIGYGWRXEJZ6ECSLG7VDJ:/var/lib/docker/overlay2/l/JYQIR5JVEUVQPHEF452BRDVC23:/var/lib/docker/overlay2/l/AUDTRIBKXDZX62ANXO75LD3DW5:/var/lib/docker/overlay2/l/RFFN2MQPDHS2Z'
Unexpected end of /proc/mounts line `KNEJCAQH6YG5S:/var/lib/docker/overlay2/l/7LZSAIYKPQ56QB6GEIB2KZTDQA:/var/lib/docker/overlay2/l/CP2WSFS5347GXQZMXFTPWU4F3J:/var/lib/docker/overlay2/l/SJHIWRVQO5IENQFYDG6R5VF7EB:/var/lib/docker/overlay2/l/ICNNZZ4KB64VEFSKEQZUF7XI63:/var/lib/docker/overlay2/l/SOHRMEBEIIP4MRKRRUWMFTXMU2:/var/lib/docker/overlay2/l/DL4GM7DYQUV4RQE4Z6H5XWU2AB:/var/lib/docker/overlay2/l/JNEAR5ISUKIBKQKKZ6GEH6T6NP:/var/lib/docker/overlay2/l/LIAK7F7Q4SSOJBKBFY4R66J2C3:/var/lib/docker/overlay2/l/MYL6XNGBKKZO5CR3PG3HIB475X:/var/lib/do'

为代码行打印该消息

MPI_Init(&argc,&argv);

为了使问题更难以理解,只有当主机是mac os x时才会打印警告消息,对于linux主机,一切正常.

除了警告信息一切正常.我不知道OpenMPI和docker如何能够解决这个问题.

解决方法:

这可能是由于您的/ proc / mounts文件中包含大于512个字符的行,导致OpenMPI的hwloc模块无法正确解析它. Docker倾向于将非常长的行放入/ proc / mounts.您可以在openmpi-1.10.7 / opal / mca / hwloc / hwloc191 / hwloc / src / topology-linux.c中看到该错误：1677

这可以通过将其大小增加到更大的数量来修复,尽管这应该被视为临时解决方法.

内容总结

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