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【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列

内容导读

互联网集市收集整理的这篇技术教程文章主要介绍了【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列，小编现在分享给大家，供广大互联网技能从业者学习和参考。文章包含1271字，纯文字阅读大概需要2分钟。

内容图文

已知

genomic_dna.txt

        TCGATCGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATCGATATCGATCGATATCATCGATGCATCGATCATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCATATGTCAGTCGATGCATCGTAGCATCGTATAGTAGCTACGTAGCTACGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGATCGATCATCATCGTAGCTAGCTCGACTAGCTACGTACGATCGATGCATCGATCGTAGCTAGTACGATCGCGTAGCTAGCATGCTACGTAGATCGATCGATGCATGCTAGCTAGCTAGCTACGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTACGATCGATGCTACGTAGATCGATCGCTAGTAGATCGATCGCTAGCTAGCTGACTAGTACGCTGCTAGTAGTCAGCTAGATCGATGCTAGTCA

exons.txt

        5,58
72,133
190,276
340,398

编码

        genomic_dna = open("genomic_dna.txt").read()
exon_locations = open("exons.txt")
output = open("coding_sequence.txt", "w")

coding_sequence = ""
for line in exon_locations:
    positions = line.split(‘,‘)
    start = int(positions[0])
    stop = int(positions[1])
    exon = genomic_dna[start:stop]
    coding_sequence = coding_sequence + exon

output.write(coding_sequence)
output.close()

结果

coding_sequence.txt

        CGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGCGATCGATCGATATCGATCGATATCATCGATGCATCGATCATCGATCGATCGATCGATCGACGATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGATCGATCATCATCGTAGCTAGCTCGACTAGCTACGTACGATCGATGCATCGATCGTACGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTACGATCG

原文：https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/12741441.html

内容总结

以上是互联网集市为您收集整理的【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列全部内容，希望文章能够帮你解决【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列所遇到的程序开发问题。 如果觉得互联网集市技术教程内容还不错，欢迎将互联网集市网站推荐给程序员好友。

内容备注

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来源：【匿名】