使用biopython从entrez获取基因序列
内容导读
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![使用biopython从entrez获取基因序列](/upload/InfoBanner/zyjiaocheng/676/a6c7064d429a4a95ac6a9cfb5666ec0c.jpg)
这就是我要做的.
我有一个基因名称列表,例如:[ITGB1,RELA,NFKBIA]
在biobio和entrez API教程中查找帮助时,我想到了:
x = ['ITGB1', 'RELA', 'NFKBIA']
for item in x:
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=item ,rettype="gb")
record = handle.read()
out_handle = open('genes/'+item+'.xml', 'w') #to create a file with gene name
out_handle.write(record)
out_handle.close
但这总是出错.我发现如果id是数字id(尽管您必须将其放入字符串中才能使用’186972394′,所以:
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id='186972394' ,rettype="gb")
这使我得到想要的信息,其中包括序列.
所以现在到问题:
如何搜索基因名称(因为我没有ID号)或如何轻松地将我的基因名称转换为ID以获取我拥有的基因列表的序列.
谢谢,
解决方法:
首先使用基因名称,例如:ATK1
item = 'ATK1'
animal = 'Homo sapien'
search_string = item+"[Gene] AND "+animal+"[Organism] AND mRNA[Filter] AND RefSeq[Filter]"
现在我们有一个搜索字符串来查找ID
handle = Entrez.esearch(db="nucleotide", term=search_string)
record = Entrez.read(handleA)
ids = record['IdList']
如果没有找到ID,则返回ID作为列表.现在假设它返回列表中的1个项目.
seq_id = ids[0] #you must implement an if to deal with <0 or >1 cases
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=seq_id, rettype="fasta", retmode="text")
record = handleA.read()
这将为您提供一个fasta字符串,您可以将其保存到文件中
out_handle = open('myfasta.fasta', 'w')
out_handle.write(record.rstrip('\n'))
内容总结
以上是互联网集市为您收集整理的使用biopython从entrez获取基因序列全部内容,希望文章能够帮你解决使用biopython从entrez获取基因序列所遇到的程序开发问题。 如果觉得互联网集市技术教程内容还不错,欢迎将互联网集市网站推荐给程序员好友。
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