python – 从CSV文件中的Adjacency Matrix绘制NetworkX图

内容导读

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内容图文

我现在一直在与这个问题作斗争,我知道这很简单 – 但我对Python或NetworkX没什么经验.我的问题非常简单,我试图绘制一个大型数据集(大约200行/列)的矩阵,看起来像这样.第一行和第一列是相同的.

  A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K
A,0,1,1,0,1,1,1,1,0,1,0
B,1,0,0,0,1,1,1,1,0,1,0
C,1,0,0,0,1,1,1,1,0,1,0

它只是一个显示人们如何连接的矩阵,我想要的只是导入和绘制这个csv文件,并在NetworkX中使用它的相应标签.

我有这个文件(people.csv),并查看以前的答案here,这似乎是最好的方法是将数据放入一个numpy数组.

这似乎有一个问题：

import numpy as np
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
from numpy import genfromtxt
import numpy as np

mydata = genfromtxt('mouse.csv', delimiter=',')

我得到以下输出：

File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/npyio.py", line 1272, in genfromtxt
  fhd = iter(np.lib._datasource.open(fname, 'rbU'))
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 145, in open
  return ds.open(path, mode)
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 472, in open
  found = self._findfile(path)
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 323, in _findfile
  if self.exists(name):
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 417, in exists
  from urllib2 import urlopen
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/urllib2.py", line 94, in <module>
  import httplib
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/httplib.py", line 69, in <module>
  from array import array
      File "/Users/Plosslab/Documents/PythonStuff/array.py", line 4, in <module>
      NameError: name 'array' is not defined

解决方法:

我创建了一个名为mycsv.csv的小型csv,其中包含以下内容：

,a,b,c,d
a,0,1,0,1
b,1,0,1,0
c,0,1,0,1
d,1,0,1,0

你没有’,’作为第一行的第一个字符,而是你有一个空格,所以如果这是我的错误,请告诉我.一般的想法是一样的.请阅读csv：

from numpy import genfromtxt
import numpy as np
mydata = genfromtxt('mycsv.csv', delimiter=',')
print(mydata)
print(type(mydata))

这打印：

[[ nan  nan  nan  nan  nan]
 [ nan   0.   1.   0.   1.]
 [ nan   1.   0.   1.   0.]
 [ nan   0.   1.   0.   1.]
 [ nan   1.   0.   1.   0.]]
<type 'numpy.ndarray'>

现在我们将csv作为numpy数组读入,我们只需要提取邻接矩阵：

adjacency = mydata[1:,1:]
print(adjacency)

这打印：

[[ 0.  1.  0.  1.]
 [ 1.  0.  1.  0.]
 [ 0.  1.  0.  1.]
 [ 1.  0.  1.  0.]]

如果我的小例子不完全像你的那样,你可以根据需要切割你的numpy数组.

要绘制图形,您需要导入matplotlib和networkx：

import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx

def show_graph_with_labels(adjacency_matrix, mylabels):
    rows, cols = np.where(adjacency_matrix == 1)
    edges = zip(rows.tolist(), cols.tolist())
    gr = nx.Graph()
    gr.add_edges_from(edges)
    nx.draw(gr, node_size=500, labels=mylabels, with_labels=True)
    plt.show()

show_graph_with_labels(adjacency, make_label_dict(get_labels('mycsv.csv')))

这是一张带有python图表的简短tutorial.

内容总结

以上是互联网集市为您收集整理的python – 从CSV文件中的Adjacency Matrix绘制NetworkX图全部内容，希望文章能够帮你解决python – 从CSV文件中的Adjacency Matrix绘制NetworkX图所遇到的程序开发问题。 如果觉得互联网集市技术教程内容还不错，欢迎将互联网集市网站推荐给程序员好友。

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