python – 使用Bio.SeqIO编写单行FASTA

内容导读

互联网集市收集整理的这篇技术教程文章主要介绍了python – 使用Bio.SeqIO编写单行FASTA，小编现在分享给大家，供广大互联网技能从业者学习和参考。文章包含707字，纯文字阅读大概需要2分钟。

内容图文

QIIME请求此(here)关于它作为输入接收的fasta文件：

该文件是FASTA文件,序列采用单行格式.也就是说,序列不会分成特定长度的多行,而是整个序列占据一行.

Bio.SeqIO.write当然遵循format recommendations,并且每隔80个bps分割序列.
我可以写自己的作家来编写那些“单行”快速 – 但我的问题是,如果有一种方法我错过了让SeqIO这样做.

解决方法:

BioPython的SeqIO模块使用FastaIO子模块以FASTA格式读写.

FastaIO.FastaWriter类每行可以输出不同数量的字符,但接口的这部分不会通过SeqIO公开.您需要直接使用FastaIO.

所以不要使用：

from Bio import SeqIO
SeqIO.write(data, handle, format)

使用：

from Bio.SeqIO import FastaIO
fasta_out = FastaIO.FastaWriter(handle, wrap=None)
fasta_out.write_file(data)

要么

for record in data:
    fasta_out.write_record(record)

内容总结

以上是互联网集市为您收集整理的python – 使用Bio.SeqIO编写单行FASTA全部内容，希望文章能够帮你解决python – 使用Bio.SeqIO编写单行FASTA所遇到的程序开发问题。 如果觉得互联网集市技术教程内容还不错，欢迎将互联网集市网站推荐给程序员好友。

内容备注

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