python – 删除dicom图像中的像素注释

内容导读

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内容图文

我正在分析医学图像.所有图像都有一个带位置的标记.看起来像这样

它是此图像中的“TRH RMLO”注释,但在其他图像中可能有所不同.尺寸也各不相同.图像被裁剪,但您看到组织正在右侧开始.
我发现这些标记的存在会扭曲我的分析.

我该如何删除它们？

我像这样在python中加载图像

import dicom
import numpy as np

img = dicom.read_file(my_image.dcm)
img_array = img.pixel_array

然后图像是一个numpy数组.白色文本总是被大的黑色区域包围(黑色值为零).标记在每个图像中处于不同的位置.

如何在不伤害组织数据的情况下删除白色文本.

UPDATE

添加了第二张图片

UPDATE2：
这是两个原始的dicom文件.所有个人信息均已删除.编辑：已删除

解决方法:

查看您提供的图像的实际像素值,您可以看到标记几乎是(99.99％)纯白色,这不会出现在图像的其他位置,因此您可以使用简单的99.99％阈值将其隔离.

我更喜欢命令行中的ImageMagick,所以我会这样做：

convert sample.dcm -threshold 99.99% -negate mask.png

convert sample.dcm mask.png -compose darken -composite result.jpg

当然,如果样本图像不具代表性,您可能需要更加努力.我们来看看……

如果简单的阈值对你的图像不起作用,我会看“命中和错过形态学”.基本上,您将图像阈值设置为纯黑色和白色 – 大约90％说,然后您查找特定形状,例如标签上的角标记.因此,如果我们想要在黑色背景上查找白色矩形的左上角,我们使用0表示“此像素必须为黑色”,1表示“此像素必须为白色”,并表示“我们不在乎”,我们会使用这种模式：

0 0 0 0 0
0 1 1 1 1
0 1 - - -
0 1 - - -
0 1 - - -

希望你能在那里看到一个白色矩形的左上角.在终端中就是这样的：

convert sample.dcm -threshold 90%   -morphology HMT '5x5:0,0,0,0,0 0,1,1,1,1 0,1,-,-,- 0,1,-,-,- 0,1,-,-,-' result.png

现在我们还想查找右上角,左下角和右下角,因此我们需要旋转模式,ImageMagick在添加>时会轻松地执行此操作.旗：

convert sample.dcm -threshold 90%    -morphology HMT '5x5>:0,0,0,0,0 0,1,1,1,1 0,1,-,-,- 0,1,-,-,- 0,1,-,-,-' result.png

希望你现在可以看到划分徽标角落的点,所以我们可以让ImageMagick修剪所有无关黑色的图像,然后留下白点,然后告诉我们边界框：

cconvert sample.dcm -threshold 90%    -morphology HMT '5x5>:0,0,0,0,0 0,1,1,1,1 0,1,-,-,- 0,1,-,-,- 0,1,-,-,-' -format %@ info:
308x198+1822+427

所以,如果我现在在这些坐标周围绘制一个红色框,你可以看到标签被检测到的位置 – 当然在实践中我会画一个黑盒子来覆盖它,但我在解释这个想法：

convert sample.dcm -fill "rgba(255,0,0,0.5)" -draw "rectangle 1822,427 2130,625" result.png

如果你想让脚本自动执行,我会使用类似的东西,将其保存为HideMarker：

#!/bin/bash
input="$1"
output="$2"

# Find corners of overlaid marker using Hit and Miss Morphology, then get crop box
IFS="x+" read w h x1 y1 < <(convert "$input" -threshold 90% -morphology HMT '5x5>:0,0,0,0,0 0,1,1,1,1 0,1,-,-,- 0,1,-,-,- 0,1,-,-,-' -format %@ info:)

# Calculate bottom-right corner from top-left and dimensions
((x1=x1-1))
((y1=y1-1))
((x2=x1+w+1))
((y2=y1+h+1))
convert "$input" -fill black -draw "rectangle $x1,$y1 $x2,$y2" "$output"

然后你会这样做,使其可执行：

chmod +x HideMarker

并运行它：

./HideMarker someImage.dcm  result.png

内容总结

以上是互联网集市为您收集整理的python – 删除dicom图像中的像素注释全部内容，希望文章能够帮你解决python – 删除dicom图像中的像素注释所遇到的程序开发问题。 如果觉得互联网集市技术教程内容还不错，欢迎将互联网集市网站推荐给程序员好友。

内容备注

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