python – 当前节点的Xpath选择属性？
内容导读
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内容图文
我使用python和lxml来处理xml.我查询/过滤后找到我想要的节点,但我遇到了一些问题.如何通过xpath获取其属性的值？这是我的输入示例.
>print(etree.tostring(node, pretty_print=True ))
<rdf:li xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" rdf:resource="urn:miriam:obo.chebi:CHEBI%3A37671"/>
我想要的值是在resource = ….目前我只是使用lxml来获取值.我想知道是否可以在纯xpath中进行？谢谢
编辑：忘了说,这不是根节点,所以我不能在这里使用//.我在xml文件中喜欢2000-3000个其他人.我的第一次尝试是使用“.@ attrib”和“self :: * @”,但这些似乎不起作用.
编辑2：我会尽力解释(好吧,这是我第一次使用xpath处理xml问题.而英语不是我最喜欢的字段之一……).这是我的输入代码片段http://pastebin.com/kZmVdbQQ(完整的一个从这里http://www.comp-sys-bio.org/yeastnet/使用版本4).
在我的代码中,我尝试使用资源链接chebi获取speciesTypes节点(< rdf：li rdf：resource =“urn：miriam：obo.chebi：....”/>).然后我试图从rdf：li中的rdf：resource属性获取值.问题是,我很确定如果我从诸如speciesTypes之类的父节点开始,在子节点中获取属性会很容易,但我想知道如果从rdf：li开始怎么做.根据我的理解,xpath中的“//”将从任何地方查找节点,而不仅仅是在当前节点中.
下面是我的代码
import lxml.etree as etree
tree = etree.parse("yeast_4.02.xml")
root = tree.getroot()
ns = {"sbml": "http://www.sbml.org/sbml/level2/version4",
"rdf":"http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#",
"body":"http://www.w3.org/1999/xhtml",
"re": "http://exslt.org/regular-expressions"
}
#good enough for now
maybemeta = root.xpath("//sbml:speciesType[descendant::rdf:li[starts-with(@rdf:resource, 'urn:miriam:obo.chebi') and not(starts-with(@rdf:resource, 'urn:miriam:uniprot'))]]", namespaces = ns)
def extract_name_and_chebi(node):
name = node.attrib['name']
chebies = node.xpath("./sbml:annotation//rdf:li[starts-with(@rdf:resource, 'urn:miriam:obo.chebi') and not(starts-with(@rdf:resource, 'urn:miriam:uniprot'))]", namespaces=ns) #get all rdf:li node with chebi resource
assert len(chebies) == 1
#my current solution to get rdf:resource value from rdf:li node
rdfNS = "{" + ns.get('rdf') + "}"
chebi = chebies[0].attrib[rdfNS + 'resource']
#do protein later
return (name, chebi)
metaWithChebi = map(extract_name_and_chebi, maybemeta)
fo = open("metabolites.txt", "w")
for name, chebi in metaWithChebi:
fo.write("{0}\t{1}\n".format(name, chebi))
解决方法:
在XPath查询中使用@前缀属性名称：
>>> from lxml import etree
>>> xml = """... <?xml version="1.0" encoding="utf8"?>
... <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#">
... <rdf:li rdf:resource="urn:miriam:obo.chebi:CHEBI%3A37671"/>
... </rdf:RDF>
... """
>>> tree = etree.fromstring(xml)
>>> ns = {'rdf': 'http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#'}
>>> tree.xpath('//rdf:li/@rdf:resource', namespaces=ns)
['urn:miriam:obo.chebi:CHEBI%3A37671']
编辑
这是问题中脚本的修订版本：
import lxml.etree as etree
ns = {
'sbml': 'http://www.sbml.org/sbml/level2/version4',
'rdf':'http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#',
'body':'http://www.w3.org/1999/xhtml',
're': 'http://exslt.org/regular-expressions',
}
def extract_name_and_chebi(node):
chebies = node.xpath("""
.//rdf:li[
starts-with(@rdf:resource, 'urn:miriam:obo.chebi')
]/@rdf:resource
""", namespaces=ns)
return node.attrib['name'], chebies[0]
with open('yeast_4.02.xml') as xml:
tree = etree.parse(xml)
maybemeta = tree.xpath("""
//sbml:speciesType[descendant::rdf:li[
starts-with(@rdf:resource, 'urn:miriam:obo.chebi')]]
""", namespaces = ns)
with open('metabolites.txt', 'w') as output:
for node in maybemeta:
output.write('%s\t%s\n' % extract_name_and_chebi(node))
内容总结
以上是互联网集市为您收集整理的python – 当前节点的Xpath选择属性？全部内容，希望文章能够帮你解决python – 当前节点的Xpath选择属性？所遇到的程序开发问题。 如果觉得互联网集市技术教程内容还不错，欢迎将互联网集市网站推荐给程序员好友。
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