Python(numpy)读取混合格式的文本文件
内容导读
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内容图文
我有这样的数千个文件,我想提取对应于原子[‘CG’,’CD1′,’CD2′,’CE1′,’CE2′,’的行的列6,7,8的值. CZ’],
ATOM 1 CG TOLU 1 -0.437 -0.756 1.802 1.00 1.99 PRO0
ATOM 2 HG TOLU 1 -0.689 -1.123 2.786 1.00 0.00 PRO0
ATOM 3 CD1 TOLU 1 0.041 -1.623 0.811 1.00 1.99 PRO0
ATOM 4 HD1 TOLU 1 0.331 -2.603 1.162 1.00 0.00 PRO0
ATOM 5 CD2 TOLU 1 -0.692 0.547 1.352 1.00 1.99 PRO0
ATOM 6 HD2 TOLU 1 -1.131 1.264 2.030 1.00 0.00 PRO0
ATOM 7 CE1 TOLU 1 0.246 -1.276 -0.504 1.00 1.99 PRO0
ATOM 8 HE1 TOLU 1 0.596 -2.073 -1.144 1.00 0.00 PRO0
ATOM 9 CE2 TOLU 1 -0.331 0.991 0.063 1.00 1.99 PRO0
ATOM 10 HE2 TOLU 1 -0.565 2.030 -0.117 1.00 0.00 PRO0
ATOM 11 CZ TOLU 1 0.136 0.076 -0.919 1.00 1.99 PRO0
ATOM 12 CT TOLU 1 0.561 0.474 -2.282 1.00 0.00 PRO0
ATOM 13 H11 TOLU 1 0.529 -0.410 -2.955 1.00 0.00 PRO0
ATOM 14 H12 TOLU 1 1.574 0.930 -2.294 1.00 0.00 PRO0
ATOM 15 H13 TOLU 1 -0.203 1.165 -2.699 1.00 0.00 PRO0
ATOM 16 CG TOLU 2 5.140 1.762 -1.390 1.00 1.99 PRO0
ATOM 17 HG TOLU 2 5.815 1.717 -2.231 1.00 0.00 PRO0
ATOM 18 CD1 TOLU 2 4.578 0.647 -0.862 1.00 1.99 PRO0
ATOM 19 HD1 TOLU 2 4.835 -0.329 -1.246 1.00 0.00 PRO0
ATOM 20 CD2 TOLU 2 4.786 3.044 -0.824 1.00 1.99 PRO0
ATOM 21 HD2 TOLU 2 5.184 3.982 -1.181 1.00 0.00 PRO0
ATOM 22 CE1 TOLU 2 3.734 0.667 0.248 1.00 1.99 PRO0
ATOM 23 HE1 TOLU 2 3.131 -0.167 0.574 1.00 0.00 PRO0
ATOM 24 CE2 TOLU 2 4.042 3.068 0.321 1.00 1.99 PRO0
ATOM 25 HE2 TOLU 2 3.753 3.969 0.841 1.00 0.00 PRO0
ATOM 26 CZ TOLU 2 3.465 1.886 0.893 1.00 1.99 PRO0
ATOM 27 CT TOLU 2 2.501 1.806 2.157 1.00 0.00 PRO0
ATOM 28 H11 TOLU 2 2.361 0.712 2.283 1.00 0.00 PRO0
ATOM 29 H12 TOLU 2 1.490 2.181 1.890 1.00 0.00 PRO0
ATOM 30 H13 TOLU 2 2.845 2.513 2.943 1.00 0.00 PRO0
TER
END
并注意到每个提到的原子都存在两行.因此,我认为两个带有12个键的词典最符合我的目标,就像这样
{1: {'CG':(0,0,0), 'CD1':(0,0,0), 'CD2':(0,0,0), 'CE1':(0,0,0), 'CE2':(0,0,0), 'CZ':(0,0,0)},
2: {'CG':(0,0,0), 'CD1':(0,0,0), 'CD2':(0,0,0), 'CE1':(0,0,0), 'CE2':(0,0,0), 'CZ':(0,0,0)}}
第一个键(1,2)指的是第5列.
你能告诉我一个健壮的方法来读取文件并将每个元组值分配到字典中的正确位置吗？我可以用多个if条件来做,但我认为必须有更好的方法(也许有numpy)
解决方法:
这将做的工作：
atmlist = ['CG', 'CD1', 'CD2', 'CE1', 'CE2', 'CZ']
def Read_PDB(filename):
coord={r:{k:(0,0,0) for k in atmlist} for r in [0,1]}
try:
f = open(filename, 'r')
except IOError as err:
print ("I/O error({0}): {1}".format(err.errno, err.strerror))
quit()
for line in f:
for at in atmlist:
if (line.find(at) == 13):
line = line.strip()
temp = line.split()
crd = (float(temp[5]), float(temp[6]), float(temp[7]))
coord[int(temp[4])-1][at] = crd;
return coord`
内容总结
以上是互联网集市为您收集整理的Python(numpy)读取混合格式的文本文件全部内容，希望文章能够帮你解决Python(numpy)读取混合格式的文本文件所遇到的程序开发问题。 如果觉得互联网集市技术教程内容还不错，欢迎将互联网集市网站推荐给程序员好友。
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来源：【匿名】