BioPython：如何将氨基酸字母表转换为

内容导读

互联网集市收集整理的这篇技术教程文章主要介绍了BioPython：如何将氨基酸字母表转换为，小编现在分享给大家，供广大互联网技能从业者学习和参考。文章包含803字，纯文字阅读大概需要2分钟。

内容图文

在讨论如何使用Bio.SeqIO.parse()导入序列数据时,BioPython食谱说明：

There is an optional argument alphabet to specify the alphabet to be used. This is useful for file formats like FASTA where otherwise Bio.SeqIO will default to a generic alphabet.

如何添加此可选参数？我有以下代码：

from os.path import abspath
from Bio import SeqIO

handle = open(f_path, "rU")
records = list(SeqIO.parse(handle, "fasta"))
handle.close()

这将从UniProt数据库导入大量FASTA文件.问题是它在通用的SingleLetterAlphabet类中.如何在SingleLetterAlphabet和ExtendedIUPACProtein之间进行转换？

最终目标是在这些序列中搜索诸如GxxxG之类的主题.

解决方法:

像这样：

# Import required alphabet
from Bio.Alphabet import IUPAC

# Pass imported alphabet as an argument for `SeqIO.parse`:
records = list(SeqIO.parse(handle, 'fasta', IUPAC.extended_protein))

内容总结

以上是互联网集市为您收集整理的BioPython：如何将氨基酸字母表转换为全部内容，希望文章能够帮你解决BioPython：如何将氨基酸字母表转换为所遇到的程序开发问题。 如果觉得互联网集市技术教程内容还不错，欢迎将互联网集市网站推荐给程序员好友。

内容备注

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