python – 氨基酸结合位点发现,蛋白质数据库
内容导读
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内容图文
我试图找出属于两个不同链的两个原子是否会被视为“束缚”.这是基于以下事实：如果距离(欧几里得,可以通过给定的x,y,z坐标找到)比两个原子的范德华加0.5A那么它被认为是束缚的.问题是我不明白如何计算每个原子的范德华力.因为在PDB中,原子名称类似于CB1,CA等,而不是单个原子.我知道N的Waals半径.我可以编写代码来计算原子之间的原子距离,但我没有做范德瓦尔斯部分,这是必不可少的.这是我编写的代码,用于从两个链中提取信息以及PDB的链接：
http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=3KUD
a = open('3kud.pdb', 'r') # opening the PDB file
b = a.readlines() # reading the file line by line
c = [x.strip('\n') for x in b] # extracting '\n' from each line
d = []
# Creating a function that extract information from the given PDB list(only the ATOM parts)
def pdbread():
global c # calling c in order to define d based on c.
global d # empty list that contains all the atoms in the list
for i in range(len(c)):
if c[i].startswith('ATOM'):
d.append(c[i])
else:
continue
return d
print 'The atom part of the given PDB file', pdbread()
w = [] # I, then, splitted the given whole atom list part so that each column could be read on the file.
for i in range(len(d)):
line = d[i].split()
w.append(line)
Chain_A = []
Chain_B = []
for z in w:
if z[4] == 'A':
Chain_A.append(z)
if z[4] == 'B':
Chain_B.append(z)
print 'Splitted form of the atom part of the PDB file', w
print 'Chain A :', Chain_A
print 'Chain B:', Chain_B
我可以在这两个链之间创建for循环并比较距离,只要我得到如何计算两个可能相互作用的原子之间的范德华半径.
编辑：我决定继续前进,假设每个原子是第一个字母,使得CB,OG1分别是碳和氧,并将采用他们的范德华值.尽管如此,我仍然在努力编写代码来创建两个链之间的循环并以形式计算距离
如果’vanderWaalsOfatomOfChainA vanderWaalsOfatomOfChainB 0.5’> ‘他们的距离基于欧几里德公式’：等
编辑：我设法将范德华半径添加到Chain_A和Chain_B中的每个列表,这里是代码：
for z in w:
if z[2][0] == 'N':
z.append(1.55)
if z[2][0] == 'O':
z.append(1.52)
if z[2][0] == 'C':
z.append(1.7)
if z[2][0] == 'S':
z.append(1.8)
if z[2][0] == 'H':
z.append(1.2)
但我需要的是找出如何为两个链创建一个for循环.我的意思是我必须比较A和B的所有原子.12.每个列表中的槽给出范德华半径,我需要计算每个A列表的第12个加上每个B列表的第12个加0.5并将其与欧几里德公式！
最终编辑：写了这段代码,但它不起作用！基于这个想法,我必须将Chain_A的每个元素与Chain_B进行比较.
A_binding = []
B_binding = []
for x,y in zip(Chain_A, Chain_B):
if x[12] + y[12] + 0.5 > sqrt((float(x[6])-float(y[6]))**2 + (float(x[7])-float(y[7]))**2 + (float(x[8])-float(y[8]))**2):
A_binding.append(x)
B_binding.append(y)
print A_binding
print B_binding
解决方法:
也许这可以帮助你：
您感兴趣的部分是epsilon_vdw_PDB()[0].它为您提供所有原子van der waalz值.这个文件来自我最近的一个项目,由我的老师提供.
顺便问一下,为什么不为循环制作2个？一个用于链A,另一个用于链B.我没有尝试你的代码,但是A的长度可能与B不同.当你使用zip()时,()里面的2个对象的长度必须相等我想(没有验证).
内容总结
以上是互联网集市为您收集整理的python – 氨基酸结合位点发现,蛋白质数据库全部内容，希望文章能够帮你解决python – 氨基酸结合位点发现,蛋白质数据库所遇到的程序开发问题。 如果觉得互联网集市技术教程内容还不错，欢迎将互联网集市网站推荐给程序员好友。
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